Fullscreen
Location : EUAsiaGrid-ITB Wiki »
Print


Instalasi gLite Computing Element



Table of contents



Pre-instalasi

Sebelum memulai instalasi gLite Computing Element, pastikan anda sudang mempersiapkan mesin seperti telah dijelaskan pada tahap Pre-Instalasi.

Catatan:
Pada latihan ini dijelaskan cara instalasi Site-BDII, CE dan WN pada satu mesin.
Dalam implementasi sesungguhnya, BDII dan CE dipasang pada satu mesin, sementara WN diinstall pada banyak mesin tersendiri.

Host Certificate

Untuk instalasi CE, anda perlu menginstal Host-Certificate/key file, yang terdiri dari dua file yaitu hostkey.pem dan hostcert.pem. Pastikan anda menempatkan kedua file Host Certificate di /etc/grid-security dan periksa juga hak akses untuk masing-masing file.

  • hostkey.pem hanya bisa dibaca (readable) oleh root
  • hostcert.pem dapat dibaca (readable) oleh semua

Jika anda belum memiliki host certificate, silakan ikuti langkah-langkah pada halaman Registrasi Host Certificate untuk memperoleh host certificate. Anda akan mendapat dua file, xxx_key.perm dan yyy.crt. Salin kedua file tersebut sbb:

# cp xxx_key.perm /etc/grid-security/hostkey.pem
# cp yyy.crt /etc/grid-security/hostcert.pem
# chmod 400 /etc/grid-security/hostkey.pem
# chmod 644 /etc/grid-security/hostcert.pem
# chown root:root /etc/grid-security/*.pem

Kalau kedua file ini tidak betul, nantinya globus tidak akan jalan.


Periksa Hostname

Setiap komputer yang terkoneksi ke network harus memiliki hostname yang benar. Kalau salah, instalasi CE ini nanti akan gagal. Untuk itu periksalah sebagai berikut:

# ifconfig | grep "inet addr"
   inet addr:10.0.1.232  Bcast:10.0.1.255  Mask:255.255.255.0
   inet addr:127.0.0.1  Mask:255.0.0.0

Artinya, komputer anda memiliki IP = 10.0.1.232. Sekarang, cari nama domain yang benar:

# nslookup 10.0.1.232
Server:         10.1.22.123
Address:        10.1.22.123#53

232.1.0.10.in-addr.arpa      name = vm10-ce.grid.itb.ac.id.

Nah, nama tersebut harus konsisten dipakai pada host ini. Untuk itu pastikan file /etc/hosts berisi:

127.0.0.1   localhost localhost.localdomain
10.0.1.232  vm10-ce.grid.itb.ac.id

Dan coba panggil:

# hostname
vm10-ce.grid.itb.ac.id

Kalau sampai salah, betulkan dengan memanggil

# hostname vm10-ce.grid.itb.ac.id

Lalu agar perubahan ini permanen, edit file /etc/sysconfig/network agar berisi:

HOSTNAME=vm10-ce.grid.itb.ac.id


Instal RPM untuk BDII, CE, dan WN

  1. Periksa apakah ada java-1.6.0 terpasang. Kalau ada, hapus semuanya karena bisa membawa masalah
    # rpm -qa | grep java
    # rpm -e java-1.6.0-compat
  2. Pasang java-1.5.0. Download dulu dari situs lalu pasang
    # rpm -ivh java-1.5.0-sun-1.5.0.15-1jpp.rpm
    # rpm -ivh java-1.5.0-sun-devel-1.5.0.15-1jpp.rpm
  3. Tambahkan repositori middleware ke direktori /etc/yum.repos.d/
    # cd /etc/yum.repos.d/
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/lcg-CE.repo
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/glite-WN.repo
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/glite-BDII.repo
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/glite-TORQUE_client.repo
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/glite-TORQUE_server.repo
    # wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/glite/repos/3.1/glite-TORQUE_utils.repo
  4. Install RPM untuk BDII, CE, dan WN serta perangkat konfigurasi YAIM menggunakan YUM
    # yum clean all
    # yum install lcg-CE glite-WN glite-BDII glite-TORQUE_client glite-TORQUE_server glite-TORQUE_utils
  5. Pastikan package-package berikut telah ter-install:
    # Untuk Site BDII
    $ rpm -qa|grep -i bdii
    glite-yaim-bdii-4.0.4-6
    glite-service-discovery-bdii-c-2.2.2-2.slc4
    bdii-4.0.1-4
    glite-BDII-3.1.15-0
    
    # Untuk CE
    $ rpm -qa|grep lcg-CE; rpm -qa|grep torque-server
    lcg-CE-3.1.31-0
    glite-yaim-torque-server-4.0.1-5
    torque-server-2.3.0-snap.200801151629.2cri.slc4
    
    # Untuk WN
    $ rpm -qa|grep glite-WN; rpm -qa|grep torque-client
    glite-WN-3.1.31-0
    torque-client-2.3.0-snap.200801151629.2cri.slc4
    glite-yaim-torque-client-4.0.1-1


Konfigurasi BDII, CE, dan WN menggunakan YAIM

Modifikasi File site-info.def

Contoh untuk file site-info.def,-+users.conf+-, groups.conf, dan wn-list.conf dapat dilihat di direktori /opt/glite/yaim/etc/.

  1. Setelah menginstall RPM, lakukan modifikasi terhadap file site-info.def yang ada di direktori /opt/glite/yaim/etc/ untuk konfigurasi BDII, CE, dan WN. Silakan mengacu ke halaman-halaman berikut untuk mengetahui variabel-variabel apa saja yang perlu diset untuk mengkonfigurasi BDII. CE, dan WN.
  2. Anda dapat menggunakan layanan sentral dari ASGC dengan menggunakan nilai-nilai berikut ini pada file site-info.def:
    PXlcg00127.grid.sinica.edu.tw
    WMSwms01.grid.sinica.edu.tw
    RBlcg00124.grid.sinica.edu.tw
    BDIIbdii.grid.sinica.edu.tw
    LFClfc.grid.sinica.edu.tw
  3. Aktifkan salah satu dari Virtual Organization (VO) berikut ini dengan cara menambahkan nama VO ke daftar VO di file site-info.def:
    • TWGrid?: VO untuk kolaborasi didalam Taiwan.
    • Apesci?: VO untuk site-site yang berada di kawasan Asia Pasifik.
    • EUAsia: untuk mitra EUAsiaGrid harap mengaktifkan euasia VO.

    Jangan lupa untuk menyalin file users.conf dan goups.conf ke direktori /opt/glite/yaim/etc/.
    Sebagai tambahan, VO ops dan dteam wajib ada/diaktifkan untuk monitoring site.
    Quote:
    The OPS VO is for EGEE central Grid operations includes running official monitoring, re-certification and performance evaluation tools. Only few dedicated people involve in OPS VO.
    For site admin to test site, should join DTEAM VO.
    http://lists.grid.sinica.edu.tw/apwiki/Procedures/Dteam_Registration
  4. Lakukan modifikasi terhadap file wn-list.conf, hapus nilai default yang ada didalam file tersebut (nxx.my.domain) kemudian tambahkan hostname dari node yang anda gunakan kedalamnya.
    $ cp /opt/glite/yaim/examples/wn-list.conf /opt/glite/yaim/etc/
    $ vi /opt/glite/yaim/etc/wn-list.conf
    $ cat /opt/glite/yaim/etc/wn-list.conf
    hostname.node.anda
  5. Proteksi file konfigurasi anda
    chmod 600 site-info.def

Konfigurasi Node

  1. Periksa sintaks pada file site-info.def
    $ source /opt/glite/yaim/etc/site-info.def
  2. Verifikasi file site-info.def
    $ /opt/glite/yaim/bin/yaim -v -s site-info.def -n BDII_site -n glite-WN -n TORQUE_client -n lcg-CE -n TORQUE_server -n TORQUE_utils

    INFO: YAIM terminated succesfully.
  3. Jalankan YAIM untuk mengkonfigurasi layanan BDII, CE, dan WN site-info.def
    $ /opt/glite/yaim/bin/yaim -c -s site-info.def -n BDII_site -n glite-WN -n TORQUE_client -n lcg-CE -n TORQUE_server -n TORQUE_utils

Periksa Hasil Instalasi

Pemeriksaan Port

Gunakan perintah netstat untuk melihat service apa sedang mendegarkan port mana.

$ netstat -tnlp

Yang ditampilkan kurang lebih seperti berikut:
CE + site BDII :
2119:                   edg-gatekeeper: globus gatekeeper service
9002:                   glite-lb-logd: workload manager logging daemon
40559,40560:      maui: maui scheduler
15004:                 maui: maui scheduler
15001:                 pbs_server: Local Resource Management System
2170:                   bdii-fwd: Site BDII (GIIS)
2171, 2172          slapd
2811:                   ftpd: globus ftp daemon

WN
22:                       sshd: ssh daemon
15002, 15003:     pbs_mon: Local Resource Management System

Pengujian Fungsi Site BDII

Untuk memriksa infromasi yan gdipublikasikan pada site BDII, gunakan perintah berikut:

[root@ce ~]# ldapsearch -x -H ldap://ce.euag.org:2170 -b o=grid
# extended LDIF
#
# LDAPv3
# base <o=grid> with scope sub
# filter: (objectclass=*)
# requesting: ALL
#

# grid
dn: o=grid
objectClass: organization
objectClass: GlueTop
o: grid

# local, grid
dn: Mds-Vo-name=local,o=grid
objectClass: GlueTop
objectClass: Mds
Mds-Vo-name: local

# resource, grid
dn: Mds-Vo-name=resource,o=grid
objectClass: GlueTop
objectClass: Mds
Mds-Vo-name: resource

# MY-TUTOR-00, grid
dn: Mds-Vo-name=MY-TUTOR-00,o=grid
objectClass: GlueTop
objectClass: Mds
Mds-Vo-name: MY-TUTOR-00

# dpm.euag.org, MY-TUTOR-00, grid
dn: GlueSEUniqueID=dpm.euag.org,Mds-Vo-name=MY-TUTOR-00,o=grid
objectClass: GlueTop
objectClass: GlueSE
objectClass: GlueKey
objectClass: GlueSchemaVersion
GlueSEUniqueID: dpm.euag.org
GlueSEName: MY-TUTOR-00:srm
GlueSEArchitecture: multidisk
GlueSEImplementationName: DPM
GlueSEImplementationVersion: 1.7.0
GlueSEStatus: Production
GlueSETotalOnlineSize: 30
GlueSEUsedOnlineSize: 3
GlueSETotalNearlineSize: 0
GlueSEUsedNearlineSize: 0
GlueForeignKey: GlueSiteUniqueID=MY-TUTOR-00
GlueSchemaVersionMajor: 1
GlueSchemaVersionMinor: 3

# https://wms.euag.org:9003/lb, MY-TUTOR-00, grid
dn: GlueServiceUniqueID=https://wms.euag.org:9003/lb,Mds-Vo-name=MY-TUTOR-00,o
 =grid
objectClass: GlueTop
objectClass: GlueService
objectClass: GlueKey
objectClass: GlueSchemaVersion
GlueServiceUniqueID: https://wms.euag.org:9003/lb
GlueServiceName: MY-TUTOR-00-org.glite.lb.Server
GlueServiceType: org.glite.lb.Server
GlueServiceVersion: 1.9.0
GlueServiceEndpoint: https://wms.euag.org:9003/lb
GlueServiceURI: unset
GlueServiceAccessPointURL: https://wms.euag.org:9003/lb
GlueServiceStatus: OK
GlueServiceStatusInfo: No Problems
GlueServiceWSDL: unset
GlueServiceSemantics: unset
GlueServiceStartTime: 1970-01-01T00:00:00Z
GlueServiceOwner: euasia
GlueServiceOwner: gilda
GlueServiceOwner: ops
GlueServiceOwner: dteam
GlueServiceAccessControlRule: euasia
GlueServiceAccessControlRule: gilda
GlueServiceAccessControlRule: ops
GlueServiceAccessControlRule: dteam
GlueForeignKey: GlueSiteUniqueID=MY-TUTOR-00
GlueSchemaVersionMajor: 1
GlueSchemaVersionMinor: 3
......

Pengujian Fungsi CE dan WN

Pengujian Batch System

Sebelum melakukan pengujian, pastikan layanan batch berjalan dengan baik.

  1. Periksa status service maui (CE service)
    $ service maui status
    maui (pid 22593) is running...
  2. Periksa status pbs_server (CE service)
    $ service pbs_server status
    pbs_server (pid 22524) is running...
  3. Periksa status pbs_mom (WN Service)
    $ service pbs_mom status
    pbs_mom (pid 17493) is running...
  4. Periksa status WN
    $ [root@ce ~]# pbsnodes -a
    ce.euag.org
         state = free
         np = 1
         properties = lcgpro
         ntype = cluster
         status = opsys=linux,uname=Linux ce.euag.org 2.6.9-89.EL.cernsmp #1 SMP Wed Jun 3 13:16:24 CEST 2009 i686,sessions=2442 22100,nsessions=2,nusers=1,idletime=110,totmem=2610844kb,availmem=2440696kb,physmem=514372kb,ncpus=1,loadave=0.12,netload=656714151,state=free,jobs=,varattr=,rectime=1246957383
    
    wnb.euag.org
         state = free
         np = 1
         properties = lcgpro
         ntype = cluster
         status = opsys=linux,uname=Linux wnb.euag.org 2.6.9-89.EL.cernsmp #1 SMP Wed Jun 3 13:16:24 CEST 2009 i686,sessions=? 0,nsessions=? 0,nusers=0,idletime=87966,totmem=2610844kb,availmem=2560060kb,physmem=514372kb,ncpus=1,loadave=0.00,netload=251240054,state=free,jobs=,varattr=,rectime=1246957392
    
    wnc.euag.org
         state = free
         np = 1
         properties = lcgpro
         ntype = cluster
         status = opsys=linux,uname=Linux wnc.euag.org 2.6.9-89.EL.cernsmp #1 SMP Wed Jun 3 13:16:24 CEST 2009 i686,sessions=? 0,nsessions=? 0,nusers=0,idletime=84521,totmem=2610844kb,availmem=2560088kb,physmem=514372kb,ncpus=1,loadave=0.00,netload=247587270,state=free,jobs=,varattr=,rectime=1246957390

Jika ada dari layanan/service tersebut yang tidak berjalan dengan baik, restart layanan maui, pbs_server, dan pbs_mom, kemudian jalankan pbsnodes –a untuk memeriksanya kembali.

Pengujian pada CE

  1. Ganti ke account biasa (bukan root) pada mesin CE.
    $su - euasia001
  2. Buat script yang diberi nama test.sh, isinya sebagai berikut:
    $vi test.sh
    #!/bin/sh
    sleep 10
    hostname
  3. simpan file tersebut, kemudian set permission untuk menjalankan file.
    $chmod 700 test.sh
  4. lakukan submit job ke antrian
    $qsub -q gilda test.sh
  5. periksa status job
    $qstat –a
    ce.euag.org:
                                                                     Req'd  Req'd   Elap
    Job ID               Username Queue    Jobname    SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
    -------------------- -------- -------- ---------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
    5.ce.euag.org        gilda001 gilda    test.sh     21369   --   --    --  48:00 R   --
  6. periksa output dari job
    $ cat test.sh.o
    ce.euag.org 
    
    $cat test.sh.e (error file, jika ada pesan error)

Pengujian dari User Interface (Remote Test)

  1. login ke User Interface
  2. buat voms proxy
    voms-proxy-init --voms gilda
  3. Periksa autentikasi GRAM menggunakan perintah: globusrun –a –r <CE_hostname>
    [UPM01@ui ~]$ globusrun -a -r ce.euag.org
    GRAM Authentication test successful
  4. Coba lakukan Submit GRAM jobs menggunakan perintah: globus_job_run <CE_host> <command>
    [UPM01@ui ~]$ globus-job-run ce.euag.org/jobmanager-lcgpbs -queue gilda `which hostname`
    wnc.euag.org



Referensi.

Halaman ini merupakan saduran bebas dari:
http://www.euasiagrid.org/wiki/index.php/Site_BDII (external link),CE_and_WN_Installation
http://www.euasiagrid.org/wiki/index.php/Site_BDII (external link),CE_and_WN_Installation
http://lists.grid.sinica.edu.tw/apwiki/Project/UPM_Tutorial_Jul_2009_Instructions/CE_Installation (external link)

Daftar Istilah dan singkatan

BDII = Berkeley Database Information Index
CE = Computing Element
WN = Worker Node
UI = User Interface


Last edited by pelita , based on work by mursito and admin .
Page last modified on Wednesday 24 of March, 2010 08:44:24 WIT.